Wyżyna Krakowsko-Częstochowską charakteryzuje się większą różnorodnością warunków siedliskowych, niż otaczające ją rejony. Związane to jest między innymi z wapiennym podłożem. Stwierdzono występowanie około 60 naturalnych i półnaturalnych zbiorowisk roślinnych[2]. Lasy zajmują około 20% powierzchni. W zbiorowiskach leśnych występują głównie grądy, mieszane bory sosnowo-dębowe z domieszką jodły lub buka, świetliste dąbrowy. Do rzadkich i cennych przyrodniczo należą zespoły typowe dla gór: buczyna karpacka z domieszką jodły, kwaśna buczyna sudecka, jaworzyna górska oraz ciepłolubna buczyna storczykowa porastająca skaliste, wapienne, silnie nasłonecznione zbocza. W silnie zabagnionych dolinach rzek występują niewielkie fragmenty łęgów.
Dominują jednak zbiorowiska nieleśne. Szczególnie charakterystyczne dla Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej są murawy kserotermiczne na stromych, skalistych i suchych zboczach. Rosną w nich rzadkie gatunki roślin ciepłolubnych. Zaprzestanie wypasu spowodowało w wyniku naturalnej sukcesji wtórnej zarastanie ich krzaczastymi zaroślami. Aby temu zapobiec w wielu rejonach uruchomiono program ochrony i odnowy muraw kserotermicznych (usuwanie zarostu drzew i krzewów)[7]. Wzdłuż potoków na dnach dolin spotyka się półnaturalne zbiorowiska łąkowe oraz szuwarowe i torfowiskowe. Bardzo bogate w gatunki zbiorowiska łąk trzęślicowych zachowały się w Puszczy Dulowskiej. Rosną w nich takie rzadkie gatunki roślin jak pełnik europejski, kosaciec syberyjski, goryczka wąskolistna, mieczyk dachówkowaty, kilka gatunków storczyków. Charakterystyczne dla Jury siedliska tworzą wywierzyska, źródła i wypływające z nich potoki. Ich silne natlenienie i duża zawartość dwutlenku węgla, sprzyjają bujnemu rozwojowi roślinności pokrywającej dna potoków[2].
Duża różnorodność siedlisk powoduje występowanie bogatej szaty roślinnej, Występuje około 1300 gatunków roślin naczyniowych, 800 gatunków grzybów wielkoowocnikowych, 400 gatunków porostów i podobną liczbę mchów. Dominują ciepłolubne rośliny charakterystyczne dla Europy Zachodniej. Występują liczne gatunki roślin i grzybów prawnie chronionych i gatunki znajdujące się na czerwonych listach gatunków zagrożonych. Roślin naczyniowych jest ponad 70 gatunków, m.in. 10 gatunków storczykowatych i 2 gatunki wysokogórskie. Wśród roślin chronionych i zagrożonych dominują rośliny kserotermiczne i stepowe, ale są także rośliny związane ze środowiskiem wodnym (hydrofity), jak np. goryczka wąskolistna, kosaciec syberyjski, fiołek bagienny, aldrowanda pęcherzykowata. Endemity i gatunki rzadkie, m.in. brzoza ojcowska (w Dolinie Bolechowickiej i Kobylańskiej), przytulia krakowska, warzucha polska znaleziona w Olkuszu, ostróżka tatrzańska (subendemit tatrzański), modrzew polski.
Spotyka się rośliny występujące na reliktowych stanowiskach, oderwanych od głównego, zwartego zasięgu występowania. Są to głównie rośliny stepowe i górskie – tych naliczono około 60 gatunków. Bardzo liczna jest grupa roślin kserotermicznych – około 300 gatunków. Należą do nich m.in. typowe dla stepów gatunki, jak ostnica Jana, kostrzewa bruzdkowana, oman wąskolistny, rumian żółty, dziewanna austriacka, przetacznik ząbkowany, a także rosnące na suchych zboczach i w murawach naskalnych macierzanki: Marschalla, pannońska, austriacka, nagolistna, wczesna (jedyne w Polsce reliktowe stanowisko). W Dolina Prądnika i Dolinie Dłubni występuje rzadki aster gawędka i ostrożeń panoński. Wśród kserotermicznych krzewów jest wiśnia karłowata osiągająca tam zachodnią granicę swego występowania. Roślinność pustynna reprezentowana jest przez szczotlichę siwą i wydmuchrzycę piaskową.
Jednym z poważniejszych zagrożeń dla flory Jury jest duże skażenie powietrza spowodowane bliskim sąsiedztwem dużych zakładów przemysłowych oraz zmiany środowiska spowodowane osuszaniem bagien i torfowisk.Fauna
Występuje około 50 gatunków ssaków, 170 gatunków ptaków (w tym 150 lęgowych), około 20 gatunków gadów i płazów i prawie 30 gatunków ryb. Duże zaludnienie terenu powoduje, że rzadkie są duże ssaki, w Puszczy Dulskiej żyje jednak łoś. Inne duże ssaki: sarna dzik, borsuk, zając szarak, kuna leśna, bóbr, wydra, chomik. Duża liczba jaskiń powoduje, że liczne są nietoperze – 21 gatunków. Takie bogactwo ich gatunków nie występuje w żadnym innym regionie Polski. Niektóre, np. nocek orzęsiony czy podkowiec duży nie występują w innych regionach Polski. Z rzadkich ptaków wymienić należy zimorodka, bociana czarnego, derkacza, dzierzbę gąsiorek. Liczne są gatunki ptaków drapieżnych: trzmielojad, jastrząb gołębiarz, krogulec, błotniak zbożowy, łąkowy i stawowy, puszczyk, sowa płomykówka, sowa uszata, pójdźka, Sowa płomykówka, myszołów włochaty, orlik krzykliwy oraz sokół kobuz i drzemlik.
Bogata jest fauna bezkręgowców, szczególnie gatunki charakterystyczne dla ciepłych regionów Azji i Europy Południowej i Południowo-wschodniej