W poprzek Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej przebiega dział wód Odry i Wisły. Między Zawierciem a Kromołowem, oddzielone jedynie nasypem kolejowym wypływają Warta uchodząca do Odry i Czarna Przemsza należąca do zlewni Wisły. Oprócz nich na wyżynie początek mają rzeki i potoki: Biała Przemsza, Pilica, Dłubnia, Szreniawa, Prądnik, Wiercica, Rudawa, Chechło, Dulówka, Kluczwoda, Sanka, Rudno, Będkówka, Kozi Bród^[4]. Porowate wapienne podłoże powoduje, że liczba cieków wodnych jest niewielka, a niektóre doliny (np. Dolina Wodącej) są suche – woda płynie ich dnem tylko po większych opadach. Rejon jest ubogi w wody powierzchniowe. Liczne i głębokie doliny, parowy i wąwozy wskazują jednak, że dawniej rejon wyżyny był zasobniejszy w wodę. Dość licznie występują wywierzyska i źródła.